Der Verleger Samuel Fischer schrieb ihm begeistert: "Ich würde mich aber freuen, wenn Sie mir Gelegenheit geben würden, ein größeres Prosawerk von Ihnen zu veröffentlichen, vielleicht einen Roman, wenn er auch nicht so lang ist". Dass Buddenbrooks im Jahr 1900 dann fast 1.000 Seiten umfassen würde, hätten sich Autor, aber vor allem der Verleger nicht ausmalen können. Fischers Reaktion: "Glauben Sie, dass es Ihnen möglich ist, Ihr Werk um etwa die Hälfte zu kürzen, so finden Sie mich im Prinzip sehr geneigt, Ihr Buch zu verlegen [...] Ich weiss, dass ich Ihnen eine ungeheuerliche Zumuthung stelle". Thomas Mann bestand auf der ursprünglichen Länge seines Familienepos und belastete die noch frischen Bindungen zum Renommierverlag S. Fischer. Der Verleger ließ sich jedoch überzeugen und druckte den ersten Roman des jungen Autors, dessen Buch sich in den Anfangsjahren trotz Kritikerlobes nicht recht verkaufen sollte - noch nicht, denn Buddenbrooks avancierte innerhalb der nächsten Jahrzehnte zu einem Dauerbrenner mit Millionenauflage. Thomas Mann gehörte nun zu den regelmäßigen Gästen der Berliner Salons, die Samuel Fischer mit seiner Frau Hedwig veranstaltete; Fischer war Verlegerpersönlichkeit alten Schlags und ließ es sich nicht nehmen, mit Autoren wie Thomas Mann ein enges Verhältnis zu pflegen.
Die Jahre nach dem Erscheinen von Buddenbrooks standen im Schatten des Debüterfolgs, Mann war auf der Suche. 1903 folgte der Erzählungsband Tristan, 1906 die umstrittene Novelle Wälsungenblut, deren erste Druckfassung Fischer auf Verlangen seines Autors einstampfen ließ, weil er mit dem Familieninzestmotiv in Bezug auf die eigene Familie zu weit gegangen war.
Bei keinem anderen Autor des Verlags ist die Biographie des Werks und der Person so eng mit dem Werdegang des Hauses verknüpft wie bei Thomas Mann, dessen Werk seit über 100 Jahren bei S. Fischer erscheint.
"Ich war ein elfjähriges Kind, als er in Berlin seinen Verlag gründete", schrieb Thomas Mann 1934 anlässlich des Todes von Samuel Fischer. "Zehn Jahre später war es der Traum jedes jungen Literaten, ein Buch bei S. Fischer zu haben, und meiner auch." Dieser Traum begann, als der 22-jährige Thomas Mann seine Novelle Der kleine Herr Friedemann 1897 an die Redaktion der Neuen Deutschen Rundschau sandte, eine der bekanntesten Zeitschrift für neue Literatur im deutschen Sprachraum. Redakteur Oscar Bie erkannte in Tonfall und Stil eine "erwachsene Moderne" und bat den Debütanten, all seine Texte einzuschicken. In der Reihe ‚Collection Fischer' erschien sogleich ein Novellenband unter dem Titel der ersten Erzählung. Thomas Mann war Autor des aufstrebenden Verlages der literarischen Moderne geworden - seine Kollegen hießen Hofmannsthal, Hauptmann, Schnitzler und später Hesse.